主要有三种治疗甲状腺机能亢进的方式：
1. 抗甲状腺药物 
    一般来说，约需服用一年到一年半的时间。缺点是再发性高。约有三分之一到一半的人会再发，再发时间则不一定，有的人停药后一个月就再发，有的则在数年后。须定期检测血中甲状腺素的浓度，以调整药量，长期每天服药，有的病人很难完全遵守。极少数病人可能引起皮肤痒或白血球过低，如果长期大量服用可能引起肝功能异常，不过这些问题在停药后都可以恢复。   
    治疗甲亢的抗甲状腺药：丙硫氧嘧啶、他巴唑等可引起白细胞减少症，一般发生在用药后的头几个月，如及时停 药，多在1~2周内恢复，故在用药期间要定期检查血象。
    治疗甲亢的西医抗甲状腺药物治疗中最严重的副作用是白细胞减少症、粒细胞缺乏症，由于粒细胞过少全身抵抗力显著下降，继而导致全身严重的感染，对生命的威胁极大。因此，在用药期间应注意有无粒细胞缺乏症的发生，如果及时发现，治愈的机会还比较多。粒细胞缺乏症发生多在用药l一3个月期间，但也可见于用药后的任何时间。因此，在用药l一3月期间应特别警惕。
　　粒细胞缺乏症发病有两种方式，一种是突然发生，一般不能预防。另一种是逐渐发生，一般先有白细胞减少，如果继续用药，可以转变成粒细胞缺乏症。对后一种发病方式，可以通过在用药期间定期检查白细胞来预防。在用药期间，可以每周查1次白细胞，如果白细胞数少于3×109/升时，一般需停药观察，如果白细胞数在3-4×109/升，应每1-3天查1次，并用升白细胞的药物如利血生、鳖肝醇，必要时用激素治疗，最好换用另一种抗甲状腺药物，经过上述措施处理后，白细胞仍然下降，则需停用抗甲状腺药物，改用其它方法治疗甲亢。
　　粒细胞缺乏症一旦发生，应立即停用抗甲状腺药物，并送医院进行抢救。因病人抵抗力太弱，应在无菌隔离的病房抢救，给予大量的糖皮质激素和抗生素治疗。治愈后病人不能再用抗甲状腺药物治疗甲亢。
2. 放射性碘131核素治疗 
    西医相对安全的放射性碘131核素治疗容易导致甲减/甲低，主要指永久性甲减/甲低。
    通常只需服用放射性碘一次即可，经济、方便，有的人如果第一次效果不佳，半年后再服用第二次。放射性碘的治疗原理，是运用甲状腺需要碘才能合成甲状腺素，因此当放射性碘进入体内后，会聚集到甲状腺，破坏甲状腺，使得原先亢进的情况减低。
    常见的并发症是破坏过多，而造成甲状腺功能低下，这时必须终身补充甲状腺素（每天一颗药即可）。
    一般人担心放射性碘会造成癌症，但根据美国使用40年以上的经验，追踪上万例个案的研究皆显示，服用放射性碘的人和一般人发生癌症的机率并无差异。
3. 手术治疗
    手术切除部份甲状腺，以改善甲状腺亢进的情况。有些人手术后仍会再发，必须再服用抗甲状腺药物。主要的并发症包括，声带受损，造成声音沙哑。另外约有千分之一的人会因为手术时伤到甲状腺旁的副甲状腺，引起副甲状腺功能受损，必须终身补充钙，否则会引起抽搐。